Bagi siswa-siswi MTs Negeri 2 Malang yang rumahnya jauh telah disediakan Ma’had Al Hikmah MTs Negeri 2 Malang Putra dan Putri dengan kapasitas masing-masing bisa menampung 100 orang, Disini para santri akan dibimbing oleh Ustadz dan Ustadzah yang sabar dan berpengalaman agar memiliki bekal ilmu agama yang memadai, disampil itu santri juga diberi bimbingan belajar mapel umum sehingga tidak kalah dengan siswa pada umumnya.